آنتی بیوگرام باید انجام شود و آنتی بیوتیک باکتریسید مناسب تجویز گردد . میزان مصرف آنتی بیوتیک باید با اندازه گیری فعالیت سرم بیمار بر علیه ارگانیسم جداشده کنترل شود و سرمی که حداقل ۸ بار رقیق شده باید از رشد باکتری جلوگیری نماید . درباره مدت درمان اختلاف نظر وجود دارد اما معمولا" برای اکثر ارگانیسمهای عفونترا ۶ هفته درمان توصیه می شود .
در بیماران مبتلا به آندوکاردیت تحت حاد درمان اولیه را می توان تا مشخص شدن ارگانیسم عفونتزا به تاخیر انداخت اما در افراد مبتلا به آندوکاردیت حاد باید بلافاصله بعد از تهیه کشت درمان آزمایشی را آغاز کرد . آنتی - بیوتیکها را معمولا" بصورت داخل وریدی تجویز می کنند . استرپتوکوکو پریدنس به پنی۔ سیلین 0 پاسخ می دهد. گاهی استرپتومایسین یا جنتامایسین هم بخاطر اثر سینرژیک در بدن بیمار به همراه پنی سیلین و تجویز می شود . در افرادی که به پنی سیلین حساسیت دارند می توان از وانکومایسین استفاده کرد . آندوکاردیت آنتروکوکی با پنی - سیلین یا وانکومایسین باضافه یک آمینوگلیکوزید درمان می شود . استرپتوکوک بویس به پنی سیلین حساس است و درمان آن مشابه استرپتوکوک و بریدنس می باشد. استافیلوکو - کہانی که پنی سیلیناز تولید نمی کنند با پنی سیلین ) و انواعی که پنی سیلیناز تولید می کنند با این خاصیت در مورد آنها معلوم نیست با پنی سیلینهای نیمه صناعی مثل نانسیلبنا ، اکساسیلین یا متی سیلین درمان می شوند. سوشهای مقاوم به متی - سیلبن يافت شده اند که در مورد آنها میتوان از وانکومایسین استفاده کرد. درمان آندوکاردیت ناشی از باکتریهای گرم منفی باید براساس آزمایش حساسیت به آنتی بیوتیک انجام شود و ممکنست به استفاده از داروهائی مثل کاربنی سیلین و یا آمینوگلیکوزیدها نیاز داشته باشد . برای درمان آندوکاردیت قارچی از آمفوتریسین B استفاده می شود و گاهی فلوسیتوزینه به همراه آن تجویز می گردد. اما این درمان غالبا" با موفقیت همراه نبوده و در این صورت انجام جراحی ضرورت پیدا میکند.
نارسایی قلبی معمولا" با تجویز دیژیتال و دیورتیک و کاهش بار بعدی در مان می شود . نارسایی دریچه میترال یا آئورتی ممکنست به کاهش بار بعدی (با نیتروپرو - سید داخل وریدی) بعنوان یک اقدام تسکین دهنده پاسخ دهد. نارسائی شدید قلی باید با تعویض دریچه درمان شود تعویض دریچه بهتر است پس از درمان کامل عفونت